Laporan Mikrobiologi Isolasi dan Identifikasi Dasar Mikroba

BAB 1

PENDAHULUAN

1.1  Latar Belakang

Populasi mikroba di alam sekitar kita sangat besar dan sangat komplek. Beratus-beratus spesies berbagai mikroba biasanya menghuni bermacam-macam bagian tubuh kita, termasuk mulut, saluran pencernaan dan kulit. Sebagai contoh, sekali bersin dapat menyebarkan beribu-ribu mikroorganisme (pelzar, 1986).

Bakteri tersebar sangat luas baik ditanah, air dan udara, bila hendak mengisolasi bakteri dari tanah/ benda padat yang mudah tersuspensi atau terlarut, atau zat cair lain, maka dilakukan serangkaian pengenceran (dilution series) terhadap zat tersebut. Sumber isolat dari bakteri benda yang liat atau padat, misatnya daging maka zat tersebut dihancurkan terlebih dahulu. Tehadap bakteri yang hanya terdapat dipermukaan maka pengenceran dilakukan terhadap air tempat zat tersebut dicelupkan/ direndam.Dan jika bakteri hendak diisolasi dari udara, cukup dengan membuka cawan petri yang berisi media agar steril beberapa saat. Di dalam laboratorium mikrobiologi, populasi bakteri ini dapat diisolasi menjadi kultur murni yang terdiri dari satu jenis yang dapat dipelajari morfologi, sifatdan kemampuan biokimiawinya (sutedjo, 1996).

Isolasi merupakan cara untuk memisahkan atau memindahkan mikroba tertentu dari lingkungan, sehingga diperoleh kultur murni atau biakkan murni. Kultur murni ialah kultur yang sel-sel mikrobanya berasal dari pembelahan dari satu sel tunggal. Beberapa cara yang dilakukan untuk mengisolasi mikrooraganisme antara cara goresan (streak plate), cara taburan/tuang (pour plate), cara sebar (spread plate), cara pengenceran ( dilution plate) serta micromanipulator (Pleczar, 1986).

Oleh karena itu yang melatar belakangi percobaan isolasi dan morfologi koloni mikroba ialah untuk memelihara suatu mikroorganisme yaitu bakteri dan jamur dari media yang ada serta membedakan bahwasetiap mikroorganisme memiliki bentuk, tepi serta permukaan koloni yang berbeda – beda.

1.2  Tujuan

-          Mengetahui metode - metode isolasi

-          Mengetahui teknik isolasi mikroba

-          Mengetahui fungsi isolasi mikroba

BAB II

TINJAUAN PUSTAKA

Populasi mikroorganisme yang ada di alam sekitar kita ini sangatlah besar dan cukup kompleks. Beratus spesies mikroba menguasai setiap bagian tubuh kita seperti mulut, saluran pencernaan dan kulit. Mereka terdapat dalam jumlah yang cukup besar. Sebagai contoh, sekali kita bersin dapat menebarkan beribu- ribu mikroorganisme. Udara, tanah, dan air yang merupakan komponen alam sebagai tempat tinggal kita juga dihuni oleh beragam mikroorganisme. Jenis mikroorganismenya dapat berupa bakteri, khamir, kapang dan sebagainya. Populasi dari mikroba yang ada di lingkungan ini sangatlah beraneka ragam dan masih dalam bentuk campuran Oleh karena itu, di dalam penelaahan terhadap suatu mikroorganisme, selain ditumbuhkan juga perlu dilakukan isolasi. Isolasi mikroba berarti memisahkan satu jenis mikroba dari biakan campuran menjadi satu biakan murni (populasi sel yang semuanya berasal dari satu sel induk) Penelitian yang layak mengenai mikroorganisme dalam berbagai habitat ini memerlukan teknik untuk memisahkan populasi campuran yang rumit ini, atau yang biasanya dikenal dengan istilah biakan campuran, menjadi spesies yang berbeda- beda yang dikenal dengan istilah biakan murni, dengan kata lain terdiri dari beberapa jenis mikroorganisme atau belum murni. Biakan murni ini terdiri dari satu populasi sel yang semuanya berasal dari satu sel induk (Hans, 1996)

Di dalam keadaaan yang sebenarnya dapat dikatakan bahwa tidak ada bakteri yang hidup secara tersendiri terlepas dari spesies yang lainnya. Kerap kali bakteri patogen kedapatan bersama- sama dengan bakteri saprob. Untuk menyendirikan atau mengasingkan suatu spesies dikenal beberapa cara, yaitu : 1. Dengan pengenceran. Cara ini dilakukan pertama kali oleh Lister pada tahun 1865. Ia berhasil memelihara Streptococcus lactis dalam piraan murni yang diisolasi dari sampel susu Yang sudah masam. Suatu sampel dari suatu suspensi yang berupa campuran bermacam- macam spesies diencerkan dalam suatu tabung tersendiri. Dari hasil pengenceran ini kemudian di ambil kira- kira 1 mL untuk diencerkan lebih lanjut. Jika dari pengenceran yang ketiga ini diambil 0,1 mL untuk disebarkan pada suatu medium padat, kemungkinan besar akan didapatkan beberapa koloni yang akan tumbuh dalam medium tersebut, akan tetapi ada juga kemungkinan hanya akan memperoleh satu koloni saja. Dalam hal ini dapat kita jadikan piaraan murni. Jika kita belum yakin, Bahwa koloni tunggal yang kita peroleh tersebut merupakan koloni yang murni, maka kita dapat mengulang pengenceran dengan menggunakan koloni ini sebagai sampel. 2. Dengan penuangan Robert Koch (1843- 1905) mempunyai metode yang lain, yaitu dengan mengambil sedikit sampel campuran bakteri yang mudah diencerkan, kemudian sampel tersebut di sebar dalam suatu medium yang terbuat dari kaldu dan gelatin encer. Dengan demikian dia memperoleh suatu piaraan adukan. Setelah medium tersebut mengental maka selang beberapa jam kemudian nampaklah koloni- koloni yang masing- masing dapat dianggap murni. Dengan mengulang pekerjaan di atas, maka akhirnya akan diperoleh piaraan murni yang lebih terjamin. Dalam mengisolasi bakteri,kapang dan khamir dapat menggunakan beberapa metode yaitu dengan menggunakan metode gores, metode tuang, metode sebar, metode pengenceran serta micromanipulator. Tetapi, yang paling sering digunakan adalah metode cawan tuang dan cawan gores. Kedua metode ini didasarkan pada prinsip yang sama yaitu mengencerkan organisme sedemikian rupa sehingga individu spesies individu spesies dapat dipisahkan dari lainnya : 1. Metode cawan gores Metode ini mempunyai dua keuntungan yaitu menghemat bahan dan waktu. Namun untuk memperoleh hasil yang baik diperlukan keterampilan yang lumayan yang biasanya diperoleh dari pengalaman. Metode cawan gores yang dilakukan dengan baik kebanyakan akan menyebabkan terisolasinya mikroorganisme yang diinginkan. Dua macam kesalahan yang sering dilakukan adalah tidak memanfaatkan permukaan medium dengan sebaik- baiknya untuk digores sehingga pengenceran mikroorganisme menjadi kurang lanjut dan cenderung untuk menggunakan inokulum terlalu banyak sehingga menyulitkan pemisahan sel- sel yang digores. 2. Metode cawan tuang Cara lain untuk memperoleh biakan koloni murni dari populasi campuran mikroorganisme ialah dengan mengencerkan eksperimen dalam medium agar yang telah dicairkan dan didinginkan yang kemudian di cawankan. Karena konsentrasi sel- sel mikroba di dalam eksperimen pada umumnya tidak diketahui sebelumnya, maka pengenceran perlu dilakukan beberapa tahap sehingga sekurang- kurangnyya satu di antara cawan – cawan tersebut mengandung koloni- koloni terpisah baik di atas permukaan maupun di dalam agar. Metode ini memboroskan waktu dan bahan namun tidak memerlukan keterampilan yang terlalu tinggi. Proses pemisahan atau pemurnian dari mikroorganisme lain perlu dilakukan karena semua pekerjaan mikrobiologis, misalnya telah dan identifikasi mikroorganisme, memerlukan suatu populasi yang hanya terdiri dari satu macam mikroorganisme saja. Teknik tersebut dikenal dengan Isolasi Mikroba (sandjaja, 1994).

Terdapat berbagai cara mengisolasi mikroba, yaitu: isolasi pada agar cawan, isolasi pada medium cair, dan Isolasi sel tunggal. 1) Isolasi pada agar cawan Prinsip isolasi pada agar cawan adalah mengencerkan mikroorganisme sehingga diperoleh individu spesies yang dapat dipisahkan dari organisme lainnya. Setiap koloni yang terpisah yang tampak pada cawan tersebut setelah inkubasi berasal dari satu sel tunggal. Terdapat beberapa cara dalam metode isolasi pada agar cawan, yaitu: Metode gores kuadran, dan metode agar cawan tuang Metode gores kuadran. Bila metode ini dilakukan dengan baik akan menghasilkan terisolasinya mikroorganisme, dimana setiap koloni berasal dari satu sel. Metode agar tuang Berbeda dengan metode gores kuadran, cawan tuang menggunakan medium agar yang dicairkan dan didinginkan (50oC), yang kemudian dicawankan. Pengenceran tetap perlu dilakukan sehingga pada cawan yang terakhir mengandung koloni-koloni yang terpisah di atas permukaan/di dalam cawan. 2) Isolasi pada medium cair Metode ini dapat dilakukan apabila mikroorganisme tidak dapet tumbuh pada agar cawan. Metode ini juga perlu dilakukan pengenceran dengan beberapa kali pengenceran. Semakin tinggi pengenceran peluang untuk mendapatkan satu sel semakin besar. 3) Isolasi sel tunggal Metode ini dilakukukan apabila mikroorganisme berukuran besar dan tidak dapat diisolasi dengan metode agar cawan atau medium cair. Sel mikroorganisme dilihat dengan menggunakan perbesaran sekitar 100 kali. Kemudian sel tersebut dipisahkan dengan menggunakan pipet kapiler yang sangat halus ataupun micromanipulator, yang dilakukan secara aseptis (gandjar, 2006).

BAB III

METODOLOGI PERCOBAAN

3.1 Waktu dan Tempat

Pada pratikum mikrobilogi ini tentang isolasi dan morfologi koloni mikroba yang dilaksanakan pada hari rabu, tanggal 30 Maret 2011 pada pukul 10.00 – 12.00 WITA dan dilanjutkan pengamatan pada pada hari jum’at, pada tanggal 1 April 2011 pada pukul 16.00 – 17.00 WITA. Bertempat di Laboratorium Mikrobiologi dan Bioteknologi Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Mulawarman Samarinda.

3.2 Alat dan Bahan

3.2.1 Alat

-     Neraca analitik

-     Sepatula

-     Bunsen

-     Tabung reaksi

-     Labu erlenmeyer

-     Blue tip

-     Mikro pipet

-     Cawan petrids

-     Vortex

-     Rak tabung reaksi

-     Almunium foil

-     Inkubator

3.2.2 Bahan

-     Media PDA

-     Media NA

-     Tanah bengkel

-     Tanah humus

-     Air kolam

-     Air minum

-     Air sungai

-     Garam fiologi 0,9%

3.3 Cara Kerja

3.3.1 pengenceran bertingkat sampel

1.         Di seterilkan tangan terlebih dahul dengan menggunakan alkohol sebelum melakukan kegiatan.

2.         Di siapkan sempel tanah bengkel yang sudah di timbang dengan neraca analaitik sebanyak 1 gram.

3.         Di ambil 3 tabuung reaksi yang di tutup almunium foil dengan label pengenceran 10^-1 sampai 10^-3 yang telah di isi denga larutan garam fisiologi 9 ml.

4.         Di ambil tabung 10^-1 di buka almunium foilnya kemudian di panaskan mulut tabung reaksi di atas lampu bunsen.

5.         Di ambil sampelyang sudah di timbang kemudian di masukan ke dalam tabung reaksi 10^-1.

6.         Di hompgenkan dengan vortex.

7.         Di ambil 1 ml campuran pada pengenceran 10^-1  dan di masukan ke dalam tabung pengenceran 10^-2.

8.         Di homogenkan menggunakan vortex.

9.         Di ambil 1ml campuran pada pengenceran 10^-2 dan di masukan ke dalam tabung reaksi pengenceran 10^-3.

10.     Di homogenkan.

3.3.2 pembuatan biakan pada medi NA

1.         Di ambil cawan petri dipanaskan di pinggirnya pada lampu bunsen.

2.         Di ambil tabung reaksi pengenceran 10^-2 dan di buka tutup almunium foil di dekat lampu bunsen.

3.         Di panaskan mulut tabung reaksi kemudian di ambil 1 ml campuran dari pengencerran 10^-2 lalu di masukan ke cawan petri.

4.         Di ambil media NA yang sudah di seterilkan di buka tutup almunium foil kemudian dipanskan mulut labu erlenmeyer dengan lampu bunsen.

5.         Di tuangkan media NA sampai menutupi seluruh permukaan cawan petri.

6.         Di tutup rapat mulut erlenmeyer dan cawan petri di dekat bunsen.

7.         Di beri label pada cawan petri dengan label NA 10^-2.

8.         Di ulangi langkah diatas pada pengenceran 10^-3.

9.         Di homogenkan dengan bentuk angka delapan

10.     Di inkubasi pada suhu 37 ⁰C selam 48 jam.

11.     Di amati perubaha yang terjadi.

3.3.3 pembuatAn biakan pada media PDA

1.         Di ambil cawan petri dipanaskan di pinggirnya pada lampu bunsen.

2.         Di ambil tabung reaksi pengenceran 10^-2 dan di buka tutup almunium foil di dekat lampu bunsen.

3.         Di panaskan mulut tabung reaksi kemudian di ambil 1 ml campuran dari pengencerran 10^-2 lalu di masukan ke cawan petri.

4.         Di ambil media PDA yang  mencair di buka tutup almunium foilnya.

5.         Di panaskan mulut labu erlenmeyer didekat lampu bunsen.

6.         Di tuangkan media PDA sampai menutupi seluruh permukaan cawan petri.

7.         Di tutup rapat mulut erlenmeyer , dan di panaskan lagi pinggirnya cawan petri di dekat lampu bunsen.

8.         Di beri label pada cawan petri dengan label PDA 10^-2.

9.         Di ulangi langkah dan perlakuan diatas pada pengenceran 10^-3.

10.     Di homogenkan dengan bentuk angka delapan

11.     Di inkubasi pada suhu 37 ⁰C selam 48 jam.

12.     Di amati perubaha yang terjadi.

BAB IV

HASIL DAN PEMBAHASAN

4.1 Hasil Pengammatan

4.1.1 Tabel hasil pengamatan isolasi dan identifikasi mikroba

Pengenceran	Pengamatan
PDA 10-2	Jumlah spesies        : 2 Sp -1  :   form          : filamentous Elevation  : convex Margin      : filamentous warna        : putih susu Sp -2  :   form          : circular Elevation  : convex Margin      : Undulate warna        : putih bening
PDA 10-3	Jumlah spesies        : 1 Sp -1  :   form          : filamentous Elevation  : flat Margin      : filamentous warna        : putih
NA 10-3	Jumlah spesies        : 4 Sp -1  :   form          : punchtiform Elevation  : convex Margin      : entire warna        : putih tua Sp -2  :   form          : irregular Elevation  : convex Margin      : lobate warna        : putih susu Sp -3  :   form          : punchtiform Elevation  : convex Margin      : undulate warna        : kuning susu Sp -4  :   form          : circular Elevation  : flat Margin      : Undulate warna        : putih bening
NA 10-3	Jumlah spesies        : 3 Sp -1  :   form          : irreguler Elevation  : convex Margin      : lobate warna        : putih bening Sp -2  :   form          : circular Elevation  : convex Margin      : Undulate warna        : putih susu Sp -3  :   form          : circular Elevation  : convex Margin      : undulate warna        : kuning putih

4.2 Pembahasan

Isolasi mikroba adalah memisah satu jenis mikroba denga mikroba lainya yang terdapat dialam dan menumbuhkannya dalam satu medium buatan (sutedjo, 1996).

Prinsip isolasai mikroba adalah memisahkan satu jenis mikrba dengan mikroba lainnya yang berasal dari bermacam – macam campuran mikroba (sutedjo, 1996)

Metode yang digunakan pada percobaan kali ini menggunakan metode isolasi tuang yang merupakan metode metode isolasi dengan cara mengambil sedikit sampel campuran bakteri yang telah di encerkan dans empel tersebut kemudian di sebarkan atau di tuang  dari medium dari kaldu dan gelatin encer (sandjaja, 1994).

Bakteri adalah kelompok besar Prokariota, selain Archaea, yang berukuran sangat kecil serta memiliki peran besar dalam kehidupan di bumi. Mereka sangatlah kecil (mikroskopik) dan kebanyakan uniselular (bersel tunggal), dengan struktur sel yang relatif sederhana tanpa nukleus/inti sel, kerangka sel, dan organ - organ lain seperti mitokondria dan kloroplas. Struktur sel bakteri memiliki sel lebih kompleks, yang disebut eukariota. Seperti prokariota (organisme yang tidak memiliki membran inti) pada umumnya, semua bakteri memiliki struktur sel yang relatif sederhana. Struktur bakteri yang paling penting adalah dinding sel. Bakteri dapat digolongkan menjadi dua kelompok yaitu Gram positif dan Gram negatif didasarkan pada perbedaan struktur dinding sel. Bakteri Gram positif memiliki dinding sel yang tersusun dari lapisan peptidoglikan yang tebal dan asam teikoat. Sementara bakteri Gram negatif memiliki lapisan luar dari lipopolisakarida: terdiri dari membran dan lapisan peptidoglikan yang tipis dan terletak pada periplasma (di antara lapisan luar dan membran sitoplasma). Banyak bakteri memiliki struktur di luar sel lainnya seperti flagela dan fimbria yang digunakan untuk bergerak, melekat dan konjugasi. Beberapa bakteri juga memiliki kapsula atau lapisan lendir yang membantu pelekatan bakteri pada suatu permukaan dan struktur biofilm. Bakteri juga memiliki kromosom, ribosom, dan beberapa spesies lainnya memiliki granula makanan, vakuola gas, dan magnetosom. Berdasarkan berntuknya, bakteri dibagi menjadi tiga golongan besar, yaitu:

1.         Kokus (Coccus) dalah bakteri yang berbentuk bulat seperti bola, dan mempunyai beberapa variasi sebagai berikut: Mikrococcus jika kecil dan tunggal, Diplococcus jka bergandanya dua-dua, Tetracoccus jika bergandengan empat dan membentuk bujursangkar, Sarcina jika bergerombol membentuk kubus, Staphylococcus jika bergerombol, Streptococcus jika bergandengan membentuk rantai

2.         Basil (Bacillus) adalah kelompok bakteri yang berbentuk batang atau silinder, dan mempunyai variasi sebagai berikut: Diplobacillus jika bergandengan dua-dua, Streptobacillus jika bergandengan membentuk rantai.

3.         Spiril (Spirilum) adalah bakteri yang berbentuk lengkung dan mempunyai variasi sebagai berikut: Vibrio (bentuk koma) jika lengkung kurang dari setengah lingkaran, Spiral jika lengkung lebih dari setengah lingkaran (Gandjar, 2006)

Media NA (Nutrien Agar) adalah medium umum untuk uji air dan produk dairy. NA juga digunakan untuk pertumbuhan mayoritas dari mikroorganisme yang tidak selektif, dalam artian mikroorganisme heterotrof. Media ini merupakan media sederhana yang dibuat dari ekstrak beef, pepton, dan agar. Na merupakan salah satu media yang umum digunakan dalam prosedur bakteriologi seperti uji biasa dari air, sewage, produk pangan, untuk membawa stok kultur, untuk pertumbuhan sampel pada uji bakteri, dan untuk mengisolasi organisme dalam kultur murni (Sandjaja, 1994).

Media PDA (Potatos Dexstose Agar) adalah merupakan media yang umum digunakan dalam kultuvasi bakter. Media PDA terdapat macam zat nutrisi organik yang di gunakan dalam media biakan untuk menumbuhkan atau mengidentifikasi yeast dan kapang. Dalam suatu sampel atau produk makanan. Media PDA mengandung sumber karbohidrat dalam jumlah cukup yaitu terdiri dari 20% ekstrak kentang dan 2% glukosa sehingga baik untuk pertumbuhan kapang dan khamir tetapi kurang baik untuk pertumbuhan bakteri.

Ada beberapa metode yang digunakan dalam percobaan isolasi dan identifikasi dasar mikroba dan metode yang diunakan antara lain, teknik pengenceran bertingkat tujuan dari teknik pengenceran bertingkat yaitu memeperkecil atau mengurangi jumlah mikroba yang trsusupensi dalam cairan. Penentuan besar atau banyaknya tingkat pengenceran tergantung pada prkiraan jumlah mikroba dan sampel. Digunakan perbandingan 1 : 9 untuk sampel dan pengenceran pertama dan selanjutnya sehingga pengenceran berikutnya mengandung 1/10 sel mikroorganismedan pengenceran sebelumnya. Dan metode ppour plate atau agar tuang dalam teknik ini memerlukan agar yang belum padat (> 45⁰C) untuk di tuang bersama susupensi bakteri kedalam ke cawan petri lalu kemudian di homogenkan dan di biarkan memadat. Hal ini akan menyebabkan sel – sel bakteri tidak hanya pada permukaan agar  saja melainkan sel yang ada di dalam agar sehingga terdapat oksigen dan ada yang tumbuh didalam agar yang tidak banyak mengandung oksigen (pleczar. 1986)

Hasil percobaan pada isolasi dan identifikasi mikroba. Pada cawan petri dengan label NA 10^-2 terdapat tiga jumlah sepesies mikroba. Spesies yang pertama memiliki bentuk irreguler permukaan convex dan tepi lobate dengan warna putih bening. Spesies yang ke dua memiliki bentuk carcular, permukaan convex dan tepi undulate, dengan warna putih susu. epesies yang ke tiga memiliki bentuk yang circular, permukaan convex, dan tepi undulate, dengan warna kuning putih. Pada cawaan petri dengan label NA 10^-3 terdapat empat jumlah spesies mikroba. Spesies yang pertama memiliki bentu punchtiform, permukaan convex, dan tepi entire, dengan warna kuning tua.spesies yang ke dua memiliki bentuk irreguler. Permukaan convex dan tepi lobate, dengan warna putih susu. Spesies yang ke tiga memiliki bentuk punchtiform, permukaan convex dan tepi undulate dengan warna kuning putih. Spesies yang ke empat memiliki bentuk circular, permukaan flat, tepi undulate, dan warna putih bening. Pada cawan petri dengan label PDA 10^-2 terdapat dua jumlah spesies mikroba. Spesies yang pertama memiliki bentuk filamentaous, permukaan convex, tepi filamentous dan warna putih susu. Spesies yang kedua ini memiliki bentuk cicular, permukaan convex dan tepi undulate, dengan warna puti bening. Pada cawan petri dengan label PDA 10^-3 terdaat satu jumlah spesies mikroba. Spesies mikroba ini memiliki bentuk filamentous, permukaan flat, tepi filamentous, dengan warna putih.

Faktor kesalahan pada percobaan kali ini yaitu, pengambilan bahan atau sampel yang akan digunakan salah, kedua metode pengambilan sampel yang tidak benar, ketiga kecerobohan dalam melakukan percobaan, tergesa –gesa dan kurang teliti.

BAB V

PENUTUP

5.1  Kesimpulan

Dari hasil percobaan tentang isolasi dan identifikasi dasar mikroba dapat disimpulkan bahwa :

-          Metode –metode untuk melakukan isolasi mikroba itu ada tiga yaitu :

1.        Isolasi pada agar cawan

2.        Isolasi pada medium cair

3.        Isolasi sel tunggal

-          Teknik – teknik untuk melakukan isolasi mikroba antara lain :

1.        Teknik goresan

2.        Teknik tuang / taburan

3.        Teknik sebar

4.        Teknik pengenceran

5.        Micromanipilator

-          Fungsi isolasi mikroba adalah untuk memisahkan satu jenis mikroba yang berasal dari biakan campuran menjadi biakan murni.

5.2    Saran

Cobalah dalam pratikum digunakan teknik isolasi yang lain contohnya tekik gores atau teknik taburan.

DAFTAR PUSTAKA

Plezar, michael. 1986. Dasar – Dasar Mikrobiologi. Jakata :U dan D

Sandjaja B. 1994. Isolasi dan Identifikasi Mikroba. Jakarta : widiya medika

              Schagel, Hans G. 1996. Mikrobiologi Umum. Jogja : gajah mada

              Sutedjo, Mul Mulyani. 1996. Mikrobiologi Tanah. Rineka Cipta : Jakarta